Apesar de ter sido fundado em 1948, os primórdios do turismo em Bonito datam da década de 1970, quando as raras belezas naturais da região –nascentes e rios de águas cristalinas, cachoeiras e grutas–, antes visitadas somente por moradores e familiares, começaram a atrair ecologistas e cientistas. Foi apenas em meados da década de 1980 que o turismo iniciou-se de fato, com a visitação na Gruta do Lago Azul, Gruta de Nossa Senhora Aparecida e Balneário Municipal do Rio Formoso. Contudo, a visitação turística não era organizada, a hotelaria rústica e limitada, além de não haver estrutura turística na cidade.
Em 1986, um marco importante foi a criação do CONDEMA – Conselho Municipal de Meio Ambiente, o que iniciou a introdução de conceitos de conservação e turismo sustentável na região. Naquela época, surgiram as três primeiras agências de turismo de Bonito, que eram responsáveis por encaminhar os visitantes aos atrativos, situados na zona rural. As agências emitiam um documento simples ao visitante chamado voucher, que garantia o acesso ao atrativo, e depois o atrativo e o guia recebiam da agência o valor referente aos vouchers emitidos.
Em 1992, já existia uma visitação rudimentar no Aquário Natural, no Rio do Peixe, Rio Sucuri e o passeio de Bote no Rio Formoso. Em 1993 formou-se a primeira turma de guias de turismo em Bonito, em um curso coordenado pelo geólogo Paulo Boggiani, e naquele mesmo ano, a profissão foi regulamentada pelo Governo Federal. A Lei Municipal 689/95 torna obrigatório o acompanhamento de guias de turismo nos atrativos (atualmente Lei 919/2002). No mesmo ano, teve início a visitação turística na Fazenda Cabeceira do Prata, sob o nome fantasia de Recanto Ecológico Rio da Prata.
Também, neste mesmo ano de 1995, é criado o Conselho Municipal de Turismo de Bonito, e sua primeira ação é a criação de um voucher único emitido em quatro vias, uma para cada um dos componentes do trade envolvidos no processo: guia de turismo, atrativo turístico, agência e prefeitura. O voucher passou, então, a ser um documento padrão controlado pela prefeitura de Bonito, o que possibilitou controle tributário e estatístico das agências, da visitação turística no município e nos atrativos.
Outro fator importante para o desenvolvimento do trade turístico de Bonito foi o associativismo, o que contribuiu muito para o fortalecimento, organização e capacitação desse setor econômico. Em 1994, foi criada a AGTB – Associação dos Guias de Turismo de Bonito, em 1996 surgiu a ATRATUR – Associação dos Atrativos Turísticos de Bonito e região e a ABAETUR – Associação Bonitense de Agências de Turismo, e em 1997 foi criada a Associação Bonitense de Hotelaria – ABH. Surgem, ainda, outras associações como a Associação de Bares, Restaurantes e similares de Bonito, a Associação de Proprietários e Operadores de Botes de Bonito, além de organizações não governamentais atuantes na área ambiental, como a Fundação Neotrópica do Brasil e o Amigos do Mimoso, que em 2002, passa a se chamar IASB – Instituto das Águas da Serra da Bodoquena.
Com diferenciais como a obrigatoriedade de acompanhamento de um guia de turismo, atrativos organizados e com visitação limitada, participação da comunidade local no trade turístico, grandes extensões de áreas preservadas e a sua beleza natural, atualmente a região de Bonito é reconhecida como polo do ecoturismo brasileiro e internacional, e é considerada há nove anos consecutivos como o melhor destino de ecoturismo do Brasil pela revista especializada Viagem & Turismo.
A região de Bonito e Jardim conta hoje com cerca de 4.500 leitos em hotéis e pousadas de pequeno a grande porte, 33 agências de turismo, aproximadamente 60 guias de turismo especializados em atrativos naturais e credenciados pelo Ministério do Turismo, 30 atrativos naturais, vários serviços de transporte e locação de automóveis, vans, motos e bicicletas, e ampla rede de bares, restaurantes e lanchonetes. Além disso, Bonito conta com um moderno centro de convenções e um aeroporto para voos comerciais e charters.
